Fondé par l'archevêché catholique de Cotonou en 1948 à Cadjehoun, le Collège Père Aupiais est initialement réservé aux garçons. Il prend de l'importance au fil des années au point de former majorité des élites intellectuelles masculines béninoises des années 1960-1970. Sa devise était « Ora et labora » (prie et travaille). À la suite du coup d'État de Mathieu Kérékou et avec la nationalisation des biens de l'Église, le collège est rebaptisé et laïcisé. Lors du retour à la démocratie le il revient dans le giron de l'Église.